A segunda temporada de Discovery trouxe algumas explicações para certos furos da primeira temporada em relação ao cânone de Star Trek, porém ao fazer isso trouxe novos furos. No episódio Saints of Imperfection, a maior imperfeição (com perdão do trocadilho) foi a Seção 31 que anteriormente era uma frota autônoma responsável por fazer o trabalho sujo que a Frota Estelar não podia fazer. Oficialmente, eles não existiam e suas ações não tem qualquer autoridade da Frota Estelar ou da Federação, apesar de possuir membros infiltrados dentro da Frota.
Porém em Discovery, isso foi alterado e colocaram a Seção 31 como sendo uma parte "suja" dentro da Frota Estelar, inclusive respondendo a almirantes e sendo puníveis pela Corte Marcial, além de possuírem tecnologias que só seriam vistos 100 anos depois dentro da franquia como dispositivos de camuflagem e comunicadores dentro das insignias.
Há algum tempo, eu fiz postagem teorizando sobre a mudança do visual dos klingons e agora eu venho novamente tentar costruar os buracos negros criados por Discovery.
No episódio Dead Stop da segunda temporada de Enterprise, é mostrado que havia uma estação que escaneava e reparava todos os defeitos na naves, incluindo ferimentos de tripulantes. Em troca, eles sequestravam um membro da tripulação para usar seus dados como base do computador. Ela é destruída pela Enterprise, mas a gente vê que ela se reconstrói no final do episódio. A estação nunca voltou a ser apresentada e a minha teoria é que com a chegada das Guerras Romulanas, ela foi tomada pela Seção 31 a partir das informações dadas por Malcolm Reed, um de seus agentes infiltrados dentro da Enterprise.
Talvez, ela não precise mais cérebros humanóides para funcionar já que ela conseguiu se reconstruir mesmo depois dos aliens terem explodidos dentro da nave (mas mesmo que precise, não acredito que isso seria um empecilho para a Seção 31). A partir dos dados obtidos dos scaners feitos nas naves que atracam nessa estação, a Seção 31 conseguiria replicar a tecnologia e usá-las em suas próprias naves e usarem isso para combater os Romulanos.
Isso tornaria a Seção 31 reconhecida na época de Discovery, o que explicaria todo mundo ficar impressionado ao ver a insignia preta da Seção 31, afinal eles seriam meio que heróis de guerra.
Acredito que com o passar dos anos, alguns membros da Seção 31 tentarão usar a tecnologia avançada para dar um golpe de Estado na Federação (provavelmente liderados pela própria Georgiou, já que ela era imperatriz do Império Terrano no Universo Mirror e deve estar com sede de poder e deve tentar conquistar esse universo também). Essa tentativa obviamente não terá sucesso e a Georgiou deve ser mandada de volta para seu próprio univeros. Com isso a Frota Estelar apagaria qualquer registro da Seção 31, incluindo os dados relativos as Guerras Romulanas que devem ser alterados para que do lado da Federação só exista a Frota Estelar. Os equipamentos também devem ser destruídos para evitar que voltem a ser usados contra a Federação.
A Seção continuará a atuar pelas sombras, sem registros oficiais o que explicará por que nenhum dos membros da Federação dentro da Deep Space 9 reconhece a Seção 31.
