Deep Space Nine é a série de Star Trek que mais tratou de religião em seus episódios.
A série foca em uma estação espacial localizada logo acima do planeta Bajor que tem uma população extremamente religiosa, tanto que o líder religioso acaba sendo também um líder político.
No episódio piloto da série, o Sisko descobre que os profetas que eram tratado como deuses pelos bajorianos são na verdade alienígenas e que o "paraíso" deles é na verdade um buraco de minhoca criado artificialmente para servir de moradia para eles.
No último episódio da primeira temporada acontece uma espécie de Escola sem Partido Bajoriana, onde uma "candidata" a kai invade a escola da Deep Space 9 e acusa a professora de estar escondendo a verdade das crianças ao não contar a versão religiosa de que dentro do buraco de minhoca havia o castelo dos profetas. Ela se nega a ensinar religião e fala que só vai ensinar fatos e não crenças. Isso gera uma briga tremenda entre a Federação e os bajorianos. No fim, isso é revelado como sendo uma armação para conquistar os bajorianos e ser escolhida como a nova kai.
Ciências e religião não podem ser apresentados como teorias alternativas, não dá para ensinar conceitos bíblicos nas escolas públicas sem que haja provas de que eles realmente existiram. A Federação, assim como o Brasil, é laica e a escola aceita alunos de várias religiões e os que não tem. Se ela ensina religião como sendo algo científico, isso fere a laicidade de qualquer governo. É importante que se ensine aquilo que tantas pessoas pesquisaram e estudaram até comprovar que aquilo é o mais provável de ter acontecido.
